A agricultura de Santa Cruz desenvolve-se num território insular de relevo acentuado, onde os terrenos agrícolas se distribuem por parcelas frequentemente pequenas e fragmentadas. Em 2019, o concelho contabilizava 1 405 explorações agrícolas e 463 hectares de Superfície Agrícola Utilizada (SAU). A área média de SAU por exploração era de apenas 0,3 hectares, evidenciando a forte presença da pequena propriedade e da agricultura familiar.

Na agricultura do concelho destacam-se as culturas hortícolas extensivas e intensivas, os frutos frescos, com destaque para os subtropicais, a floricultura, a vinha e a pecuária. Nas zonas mais quentes e de menor altitude encontram-se condições favoráveis às culturas subtropicais; nas zonas de maior altitude, a horticultura, incluindo a cultura da batata, a fruticultura temperada e a produção pecuária assumem maior expressão.

Embora o setor primário tenha um peso económico inferior ao comércio, aos serviços e ao turismo, a agricultura permanece relevante para a ocupação do solo, a manutenção dos socalcos e muros de contenção, a gestão da água, a redução do abandono dos terrenos e a preservação da paisagem rural.